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序列SARS-新京报:研究主要基于日前公布的新型冠状病毒全基因序列吗

【林允儿用中文点菜】

肖永紅:全基因序列是拿到了病毒的信息,中國疾控中心在實驗室中把病毒培養出來了,這對於研究病毒致病機制、藥物研發都非常有幫助,奠定了非常好的基礎。通俗地說,全基因組序列找到了“賊”的證據,現在是把“賊”抓住了。

SARS-like CoV)和中東呼吸綜合徵冠狀病毒(MERS-CoV)類似的感染人類的強大潛力。

新京報快訊(記者許雯)新型冠狀病毒的傳染源至今未明。北京大學工學院生物醫學工程系教授朱懷球團隊1月24日發表的研究文章提示,蝙蝠和水貂可能是新型冠狀病毒的兩個潛在宿主,其中水貂可能為中間宿主。

上述研究文章題為“深度學習算法預測新型冠狀病毒的宿主和感染性”,發表於bioRxiv預印版平臺,研究使用的是基於深度學習算法開發的VHP(病毒宿主預測)方法,用以預測新型冠狀病毒潛在宿主。

對於新型冠狀病毒來說,研究預測,蝙蝠是它的最主要來源,中間宿主可能是水貂。

記者註意到,1月23日,中國科學院武漢病毒研究所研究員石正麗團隊在bioRxiv預印版平臺上發表文章“一種新型冠狀病毒的發現及其可能的蝙蝠起源”。該研究表明,新型冠狀病毒的自然宿主最有可能是蝙蝠,它與雲南菊頭蝠中存在的RaTG13冠狀病毒一致性高達96%。

這說明,蝙蝠和水貂可能是新型冠狀病毒的兩個潛在宿主。

【對話】課題組成員、浙江大學醫學院第一醫院、傳染病診治國家重點實驗室副主任肖永紅

新京報:研究有哪些主要發現?

新京報:從全基因序列看,新型冠狀病毒與SARS病毒有什麼關聯?

“新型冠狀病毒與SARS病毒相似度很高”

研究發現,新型冠狀病毒與其他冠狀病毒有相似的傳染過程。蝙蝠身上有多種冠狀病毒,這些冠狀病毒可能先傳染至哺乳動物,再傳染到人。比如MERS病毒,中間宿主就是駱駝。

兩者不是完全相同的病毒,但關聯性很高。

新京報:研究主要基於日前公佈的新型冠狀病毒全基因序列嗎?

新京報:昨天中國疾控中心首次公佈成功分離的我國第一株病毒毒種信息及其電鏡照片,這意味著什麼?

肖永紅:我認為它和SARS病毒的類似度很高。首先,新型冠狀病毒與SARS病毒同屬於冠狀病毒的β屬,而且兩種病毒的基因組序列80%相同,同源性很高。其次,從現有研究看,兩種病毒入侵人體細胞的主要受體都是ACE2。第三,新型冠狀病毒感染的肺炎發病時間也和SARS相似。

研究提示,與感染其他脊椎動物的冠狀病毒相比,蝙蝠SARS樣冠狀病毒與新型冠狀病毒具有更相似的感染模式。此外,通過比較所有宿主在脊椎動物上的病毒傳染模式,發現水貂病毒的傳染性模式更接近新型冠狀病毒。

肖永紅:新型冠狀病毒肺炎暴發以來,病毒的傳染源一直沒有找到。我們利用深度學習算法,分析了現有數據,包括新型冠狀病毒及其他冠狀病毒的基因序列,以及GenBank(基因數據庫)中所有可用的脊椎動物病毒數據等。

肖永紅:是的。對科學研究來說,病毒全基因序列非常重要。新型冠狀病毒和相似病毒的進化分析,新型冠狀病毒的檢測方法,都基於全基因序列。另外,病毒發病機制研究、新型冠狀病毒治療藥物及疫苗的研發,也基於全基因序列。

病毒感染力方面,朱懷球團隊研究表明,新型冠狀病毒的6個基因組都極有可能感染人類。預測結果提示,新型冠狀病毒具有與嚴重急性呼吸綜合徵冠狀病毒(SARS-CoV)、蝙蝠SARS樣冠狀病毒(Bat